Traitement des prélèvements en Bactériologie

Traitement des prélèvements en BactériologieMarie-Cécile PloyBactériologie-Virologie-HygièneCHU Dupuytren, LimogesServices cliniquesLaboratoire de BactériologiePhase pré-analytiqueMise en cultureInterprétation biologique (en fonction des critères cliniques)Rendu des résultatsSystème de ramassage et/ou accueil centraliséAcheminement en urgenceMéningites, prélèvements profonds (bloc), recherche de germes fragiles (anaérobies, mycoplasmes, gonocoque, chlamydia, )Prélèvements À visée diagnostiqueÀ visée épidémiologiqueLes laboratoires doivent mettre en oeuvre tous les moyens pour fournir des résultats de qualité et doivent pouvoir faire la preuve de la mise en oeuvre de ces moyensGuide de bonne éxécution des analysesGBEAArrêté de 1994 Organisation d'un laboratoirepersonnel (organigramme)circuit des prélèvements et des résultatsInstallation du matériel et locauxMaintenance et surveillance des appareils(températures des réfrigérateurs, congélateurs, étuves, calibration des automates, )Réactifs (agréés, gestion des stocks, des dates de péremption des lots utilisés, conditions de stockage )Informatique (confidentialité, sauvegarde des données, diffusion des résultats, )Archivage des résultatsGestion des déchetsAnalysesprocédures pré-analytiques : conditions de prélèvement, d'acheminement au laboratoireconservation des échantillonséxécution des analyses par des personnes habilitées (techniciens)validation des résultats par des personnes habilitées (biologistes)cas particulier des analyses médico-légalesCQ externe et interneSang normalement stérileInoculum bactérien faible (< 1UFC/ml) : examen direct à la réception des flacons inutile(cas particulier des fièvres àBorrelia)Bactériémie transitoire (sauf en cas d'endocardite, bactériémie continue)Corrélation sensibilité et volume de sang recueilliGénéralement 2 à 3 séries d'hémocultures 24h (espace de 30 à60 minutes)Coût : B85 si négatif + B60 si culture positive + antibiogrammeDurée d'analyse : 5j en moyenneincubation prolongée en cas d'endocardite (HACEK), de brucelloseHEMOCULTURESEnsemencement direct dans le service (précautions d'asepsie)Flacons aérobies et anaérobies contenant un milieu de culture adapté àtoutes les bactériesNécessité de dilution du sang : dilution de substances à activitéantibactérienne (complément,macrophages, antibiotiques, )Les flacons contiennent du SPS : anticoagulantCulture possible de toutes les bactéries sauf mycobactéries (milieux spéciaux)Incubation au laboratoire dans des automates à 35°C sous agitationAnalyse en continu (lecture tous les 1/4 d'heure)Possibilité d'analyser le temps de positivité (infections sur cathéter)HEMOCULTURESECBUUrines normalement stérilesContamination facile par des bactéries de la flore commensaleAcheminement rapide au laboratoire Coût : B70 : comprend l'analyse cytologique, la mise en culture, l'identification et l'antibiogrammePossible screening par utilisation de bandelettes (leucocytes, nitrites)VPN > 90%Nécessité de connaître le contexte cliniqueID, ponction sus-pubienne, pathologie rénale ou urologique, femme enceinte, diabétique, patient sondé, Analyse cytologique : leucocytes et hématies /ml, cristaux, cellules pavimenteusesAnalyse bactériologique : ensemencement d'1 seul milieu de culture +/- milieu enrichiCulture quantitative : seuil de significativité : 103UFC/mlRésultat rendu en 48hCoprocultureNaturellement contaminée : 1012bactéries / g de sellesAcheminement rapide au laboratoire (sinon +4°C une nuit max)Parfois écouvillonnage rectal (nnés, recherche de BMR)Possible recueil sur papier filtreRecherches cibléesSalmonella, Shigella, Campylobacter, YersiniaKlebsiella oxytocaRecherches particulières S. aureus, Clostridium difficile, Bactéries multi-résistantes (bacilles, entérocoques), E. coli0157H7, E. colientéropathogènes chez l'enfant, Vibriocholerae, Nécessité du contexte clinique, des aliments en cause si TIACCoût : B180 : comprend la mise en culture, l'identification et antibiogrammeB80 pour recherche de C. difficileB60 Recherche de la toxine pourC. difficileExamen direct possible (présence de leucocytes)Milieux sélectifs et milieux d'enrichissementDélai de rendu des résultats : 72h au minimum, 5j pour C. difficileCoprocultureLiquide céphalo-rachidienAnalyse en urgence: pronostic vital en jeu, pas de délai pour le traitement et/ou la prophylaxie, germes fragilesAcheminement immédiat au laboratoireAnalyse macroscopique : liquide " eau de roche », trouble, hémorragique, Cytologie éléments et hématies / mm3Coloration May-Grünwald-Giemsa après cytocentrifugation : formule leucocytaireColoration de Gram après cytocentrifugationMilieux de culture enrichisAntigènes solubles pneumocoqueméningocoques (A, B, C)Haemophilus influenzaeE. coli K1 (nné)Coût : B200 cytologie, ED, culture, identification, antibiogramme+ B60 antigènes solublesDélai de rendu des résultats : au moins 72hPrélèvements sur écouvillonNature des prélèvements variéeAcheminement au laboratoire : 2 h maximumGorge, nez, prélèvements périphériques nnés, prélèvements génitaux, prélèvements ophtalmologiques, `Prélèvements cutanés si possible préférer le recueil de suppurations (seringue)difficulté d'interprétation microbiologique (contamination flore cutanée), pertinence des prélèvements d'escarre?nécessité absolue du site de prélèvement et de renseignements cliniquesPrélèvements au bloc opératoire : préférer des biopsies ou liquides ou pièces opératoiresTrès mauvais mode de prélèvements pour la recherche d'anaérobies ou de germes fragilesB110 à B200 selon la localisationPrélèvements broncho-pulmonairesExpectorations, aspirations bronchiques, lavage broncho-alvéolaire, brosseAcheminement au laboratoire : 1h maxAnalyse cytologique quantitative sur expectorations (nombre de cellules et de polynucléaires par champ)Prélèvements pouvant être contaminés par la flore oropharyngéeColoration de GramExpectorations ensemencées que si <10 cellules/champ et > 25 polynucléaires/champEnsemencement sur milieux riches et milieux sélectifsCulture quantitative : par exemple 106UFC/mlRecherches particulières : Legionella, mycobactéries, Coût : B200analyse cyto-bactériologie, identification et antibiogrammeRendu des résultats : 48 à 72h, 10j pour les légionellesAntigènes urinaires Recherche d'antigènes solubles de pneumocoque ou de légionelles (L. pneumophilasérogroupe 1)25 euros / 25 euros / patient/testpatient/testDélai de rendu des résultats : 20 minMycobactériesPrélèvementsexpectorations de qualitétubages gastriques 3j de suiteurines de suitebiopsies, liquides de ponction, DécontaminationExamen direct : auramine et Ziehl (BAAR)Culture en milieu solide et en milieu liquide (raccourcit les délais de cultureAntibiogramme en 8-10 jEt quand ça pousse Délais ?Quand la culture est positiveidentification : 24hantibiogramme : 24hDélai de rendu des résultats : 48h au minimum si négatif5 - 1 anaérobies, biopsies osseuses, légionelles5j hémocultures, voire 3 semainesjusqu'à 8 semaines pour les mycobactériesRépartition par types des prélèvements (CHU Limoges 29%24%10%5%6%6%5%4%2%2%2%4%0%< 1%< 1%< 1%1%2%HEMOCULTUREURINAIREGENITAL - NOUVEAU NERESPIRATOIREPEAU - TISSU MOUSEROLOGIEDIGESTIFMATERIELMYCOBACTERIESORL - STOMATOLOGIEPDT SANGUINS - BQUE DE TISSUS - CONTROLESYSTEME NERVEUXOS - ARTICULATIONMEDECINE DU TRAVAILCARDIO-VASCULAIREOPHTALMOLOGIEDIVERS82990 prélèvements24324200938597lib75942 prélèvements15 %37 %29 %lib583114262189126763344209801154744383332863194263674163849114380% 10% 20% 30% 40% 50% 60% 70% 80% 90% 100%URINAIRERESPIRATOIREHEMOCULTUREGENITAL - NNDIGESTIFOS - CUTANECONTRƺLE PDSORL OPHPourcentage de cultures positives en fonction du type de prélèvement(CHU Limoges 2005)Culture positiveCulture nˇgativeImportance de la collaboration entre le laboratoire et les services cliniques