Dans le cadre d'une association, et ce, en ce qui concerne la mission générale de certification des comptes annuels, le commissaire aux comptes émet généralement deux rapports : Le rapport sur les comptes annuels ; Le rapport spécial sur les conventions réglementées.
Le rapport doit garantir que les données comptables de l'entreprise répondent aux règles en vigueur.
Selon la loi, il en vérifie « la régularité et la sincérité ».
Il permet de rendre compte de la situation financière de la société et d'en assurer la transparence.
Le commissaire aux comptes peut formuler une certification avec réserves pour désaccord ou pour limitation.
On parle de désaccord lorsque des anomalies ont été relevées au cours de l'audit, qu'elles n'ont pas été corrigées mais qu'elles sont clairement circonscrites.