Tout comme l'ADN, l'ARN est composé de nucléotides constitués d'un ribose ou sucre à 5 carbones, d'un groupe phosphate et d'une base azotée. Cependant, il existe trois différences majeures entre l'ADN et l'ARN : L'ARN utilise le sucre ribose au lieu du désoxyribose. L'ARN est généralement simple brin plutôt que double brin.
Un gène qui encode un polypeptide est exprimé en deux étapes. Au cours de ce processus, l'information circule ainsi : ADN → ARN → protéine. Cette relation directionnelle est connue en tant que dogme central de la biologie moléculaire.
Les deux premières techniques de séquençage de l’ADN, celle de Maxam-Gilbert [25] et celle de Sanger [66] ont été décrites en 1977. À noter que les deux premières publications rapportant un séquençage datent de 1973 [25], [49]. Il s’agissait du séquençage de l’opérateur Lac et de l’ARNm de celui-ci.
Pour limiter ce risque, il a été démontré qu’une dilution de l’ADN amenant à une concentration d’une seule molécule d’ADN (une cellule contient 6 pg d’ADN) suivie de MDA améliorait grandement le résultat après PCR : dans ce dernier exemple, deux méthodes d’amplification étaient synergiquement utilisées [40].