Le protocole de recherche est un document rédigé par le chercheur où il décrit les différentes phases d'une étude de recherche.
Ce document doit décrire aussi les règles qui seront observées dans les relations entre le chercheur, les pouvoirs publics et la population concernée par l'étude.
Un protocole, ou protocole expérimental, correspond au plan détaillé et complet qui explique, étape par étape comment une expérience se déroule afin de tester la validité d'une hypothèse.
Il a donc pour but de cadrer l'organisation spatiale, temporelle ainsi que les différentes tâches et le matériel nécessaire.