Le bio-informaticien peut être salarié d'un groupe pharmaceutique ou d'agrochimie.
Il peut aussi travailler dans un laboratoire d'analyses, dans la fonction publique hospitalière, dans une unité de recherche ou une université… Il n'est pas rare que, sur certains projets, secteur privé et public travaillent ensemble.
Les principales applications concernent le traitement automatique de données biologiques produites à haut-débit (Big Data) et plus généralement les questions de modélisation, d'analyse et d'intégration des données dans la plupart des domaines des sciences du vivant.
Le bio-informaticien travaille au côté de biologistes ou de médecins, d'informaticiens et de biostatisticiens.
Créant des applications dans des domaines très évolutifs, il entretient un dialogue permanent avec les membres de l'équipe de recherche, ainsi qu'avec des partenaires de la recherche publique et privée.