Aujourd'hui, 80 % des sociétés de biotechnologies se positionnent dans le domaine de la santé, qu'elle soit humaine ou animale, avec trois types d'application : la prévention , le diagnostic et le traitement.
Les biotechnologies rouges : Elles se rapportent au secteur de la santé : recherche de vaccins ou de thérapies géniques, fabrication de médicaments… ; Les biotechnologies vertes : Elles se rapportent au monde végétal et s'appliquent à l'agriculture et l'élevage, l'agroalimentaire et l'agrochimie.
Les biotechnologies microbiennes s'intéressent aux microorganismes d'intérêt (« outils ») exploités dans des procédés de fabrication, de transformation ou dégradation dans un but industriel.