Les métabolites secondaires sont des composés phytochimiques non directement impliqués dans les processus vitaux de bases (croissance, la division cellulaire, la respiration, la photosynthèse, reproduction), contrairement aux métabolites primaires.
Les acides aminés, les protéines, les acides nucléiques, les lipides et les glucides simples sont des métabolites primaires.
Un métabolite est un composé organique intermédiaire ou issu du métabolisme.
On réserve ce terme en général aux petites molécules et aux monomères, par opposition aux macromolécules.