Il permet d'identifier les homologies et les homoplasies.
L'arbre phylogénétique montre la succession des émergences des groupes d'organismes vivants au cours du temps, mais surtout leurs relations de parenté.
Il est fondé sur l'analyse de nombreux caractères chez les espèces qu'il présente.
Sur un arbre phylogénétique, les ancêtres sont représentés par la jonction des branches (2 branches ou plus).
Donc, en gros, plus une branche sera longue plus les séquences correspondantes seront éloignées en terme d'évolution par rapport à son ancêtre et entre elles.2 août 2012
Dans un arbre phylogénétique, deux espèces ont un lien de parenté plus fort si elles ont un ancêtre commun plus récent, et moins fort si elles ont un ancêtre commun plus lointain.
Les arbres phylogénétiques peuvent être dessinés selon différents styles similaires.