Elle tend peu à peu à remplacer la classification classique.
Son principe est de se baser sur l'arbre phylogénétique (comme un arbre généalogique) qui relie les espèces, c'est-à-dire de classer ces espèces suivant leurs ancêtres communs plus ou moins éloignés, à partir desquels il ont évolué.
Sur un arbre phylogénétique, les ancêtres sont représentés par la jonction des branches (2 branches ou plus).
Donc, en gros, plus une branche sera longue plus les séquences correspondantes seront éloignées en terme d'évolution par rapport à son ancêtre et entre elles.
Critères de la phylogénie
Le partage entre espèces d'un caractère ou d'un certain nombre de caractères est un indice de l'éventualité d'une origine commune remontant jusqu'à un ancêtre commun, le premier à avoir développé ce caractère ou ensemble de caractères.