Il existe différentes familles de microbes, chacune composée de milliers d'espèces: les bactéries, les virus, les protozoaires et les champignons.
On peut classer ces organismes dans les grands groupes suivants : virus, bactéries, champignons, protozoaires, vers, insectes.
Deuxièmement, ces micro-organismes jouent un rôle très important dans le développement de notre système immunitaire et peuvent même agir comme moyen de défense. « Les micro-organismes qui vivent dans notre intestin ou sur notre peau aident par exemple à lutter contre d'autres microbes qui provoquent des maladies.