Ces bases de données sont des outils importants pour les scientifiques car elles leur permettent de comprendre et expliquer de nombreux phénomènes biologiques allant de la structure des biomolécules et leurs interactions à l'ensemble du métabolisme des organismes, et même l'évolution des espèces.
Les principales applications concernent le traitement automatique de données biologiques produites à haut-débit (Big Data) et plus généralement les questions de modélisation, d'analyse et d'intégration des données dans la plupart des domaines des sciences du vivant.
Les formats XML, CSV et TSV dont des formats de fichiers très largement utilisés en informatique.
Ils sont tout autant très utilisés en biologie.