Une méthode plus coûteuse et plus sophistiquée consiste à utiliser un pH-mètre à électrode.
Le pH indique la quantité d'ions d'hydrogène, c'est-à-dire l'acidité ou la basicité de l'eau.
Le pH n'est pas un polluant, mais une variable chimique de base.
Pour analyser la qualité microbiologique de l'eau on utilise des « micro-organismes indicateurs » de la contamination fécale, généralement non pathogènes, mais indiquant la présence de pathogènes issus des matières fécales.
La conductivité, la température et le pH permettent de définir les caractéristiques fondamentales de l'eau.
La recherche des contrastes de ces paramètres entre différents points de mesures facilite la mise en évidence de zones d'alimentation, de pollution ou de géologie différente.