L'ONEP est dirigé par un Directeur Général, Monsieur Ibrahiman BERTE, qui est assisté dans ses fonctions par une Directrice Générale Adjointe, Madame Nabintou CISSE, des conseillers et des services rattachés.
L'assainissement a pour fonction de collecter les eaux usées, puis de les débarrasser des pollutions dont elles sont chargées avant de rejeter l'eau ainsi traitée dans le milieu naturel.
Le traitement des eaux usées produit des boues qui sont ensuite valorisées ou éliminées.
Elle a pour mission principale le contrôle de la qualité de l'eau distribuée aux abonnés du service public d'eau potable, et des ressources en eau destinées à l'alimentation en eau potable des populations.