Quel est le principe de la classification phylogénétique ?
La classification phylogénétique est destinée à apporter des informations sur le degré de parenté entre les êtres vivants et donc sur l'évolution des espèces.
C'est pourquoi, elle classe les êtres vivants en se fondant sur les caractéristiques qu'ils partagent (vertèbres, plumes, bec, etc.)Comment construire l'arbre phylogénétique ?
1Un arbre phylogénétique doit être accompagné des données qui ont permis de le construire.
2) Lire un arbre phylogénétique, c'est : 31 - Préciser les parentés en les justifiant. 42 - Donner les caractéristiques des derniers ancêtres communs. 53 - Définir des groupes monophylétiques. 64 - Savoir dire si un arbre est valable ou non.Qu'est-ce qu'on entend par phylogénétique ?
Une classification phylogénétique suppose que l'on regroupe les êtres vivants en fonction de leurs liens de parenté.
Tout groupe systématique (ou « taxon ») renferme donc des êtres vivants proches entre eux génétiquement (ce qui n'est pas toujours corrélé à une ressemblance phénotypique globale).- Dans un arbre phylogénétique, le lien de parenté de deux espèces a une signification très spécifique.
Deux espèces ont un lien de parenté plus proche si elles ont un ancêtre commun plus récent et moins proche si elles ont un ancêtre commun moins récent.
Introduction à la Phylogénie Moléculaire
Phylogénie
Phylogénies
5 Arbres phylogénétiques
Introduction à l'économie appliquée
Appliquée
MASTER ECONOMIE APPLIQUEE
2020/2021 ÉCONOMIE APPLIQUÉE
Master Economie appliquée Présentation Programme
Avertissement à la version électronique La publication du livre " La Reconstruction phylogénétique.
Concepts et Méthodes » (Masson, 1993), a connu un certain succès, si l'on en juge par le rapide épuisement des stocks.
Les mauvaises langues insinueront que les raisons de ce succès tiennent davantage à la prudente politique éditoriale de l'éditeur qui n'a risqué qu'un tirage fort parcimonieux, plutôt qu'à une véritable popularité du livre lui-même.
Pourtant il semble bien que plusieurs générations d'étudiants aient su mettre à profit les performances des photocopieuses pour pallier une pénurie vite manifeste Depuis la date de parution de ce livre, les méthodes phylogénétiques ont connu un développement considérable.
Il s'agit d'une discipline qui n'est plus seulement réservée aux chercheurs avertis.Elle s'adresse également aux étudiants dès les premiers cycles et s'illustre même, avec plus ou moins de bonheur, dans les manuels scolaires des classes terminales.
Parallèlement à cet élargissement rapide du public, les revues scientifiques internationales ou nationales, comme d'ailleurs les journaux de vulgarisation, ne craignent plus de publier des arbres phylogénétiques.
C'est même devenu une nécessité méthodologique imposée par l'engouement récent pour les sciences de l'évolution.
On assiste également à une vaste diversification des applications, qui quittent parfois le domaine traditionnel de la biologie pour s'aventurer vers ceux, peut-être plus incertains, de la linguistique, de l'éthologie ou de la science des textes.
Enfin, de multiples ouvrages, pédagogiques ou savants (voir liste ci-dessous ; nous ne conseillons pas tous ces ouvrages au même titre, au lecteur d'en tirer le meilleur parti), ont été publiés ces 10 dernières années, au point qu'il n'existe que l'embarras du choix pour celui qui voudrait étancher sa soif de nouveautés dans le domaine des analyses phylogénétiques. Compte tenu de cette floraison bibliographique, il nous a quand même semblé utile de remettre à disposition un livre qui conserve encore, aux dires de certains, quelques vertus pédagogiques, malgré ses dix ans d'âge, même si cette qualité s'applique plutôt aux single malts qu'aux manuels de phylogénétique.
Bien qu'il soit maintenant incomplet ou dépassé sur plusieurs points, il garde cependant l'avantage d'être le seul ouvrage écrit en français à ce jour Cette version électronique de " La Reconstruction phylogénétique.
Concepts et Méthodes » reste, sur le fond, la copie du livre paru en 1993. Il ne s'agit pas d'une nouvelle édition mise à jour. Seules quelques coquilles ont été corrigées.Il est donc de notre devoir d'avertir le lecteur d'aujourd'hui qu'il ne trouvera rien sur les développements les plus récents, qu'il s'agisse d'approches probabilistes (méthodes baysiennes) ou de cladistique structurale (analyse-à-trois-taxons).
Cette version " en ligne » a bénéficié du travail d'édition de Yann Bertrand et Régis Debruyne et de l'accueil de la Société Française de Systématique sur son site Web.
Qu'ils soient tous chaleureusement remerciés. Pierre Darlu et Pascal Tassy Avril 2004 1994. Scotland R.W., Siebert D.J., Williams D.M. Models in phylogeny reconstruction. The Systematics Association Publication, special volume n°52 Clarendon Press, London. 1996. Harvey P.H., Leigh Brown A.J., Maynard Smith J., Nee S. New uses for new phylogenies. Oxford University Press. 1996. Swofford D.L., Olsen G.J., Waddell P.J., Hillis D.M. Phylogenetic inference. In: Molecular systematics, Hillis D.M., Moritz C., Mable B.K. Eds. Sinaueur Associates Inc. Publishers. 1998. Page R.D.M., Holmes E.C. Molecular evolution. A phylogenetic approach. Blackwell Science. 1998. Kitching I.J., Forey P.L., Humphries C.J., Williams D.M. Cladistics, Second Edition; The Theory and Practice of Parsimony Analysis.The Systematics Association Publication N°11, Oxford Science Publication, Oxford University Press. 2000.
Nei M., Kumar S. Molecular evolution and phylogenetics. Oxford University Press. 2001 Hall B.G. Phylogenetic trees made easy. A How-to Manual for Molecular Biologists. Sinauer Associates, Inc. 2003. Semple C., Steel M. Phylogenetics. Oxford Lecture Series in Mathematics and its Applications n°24 Oxford University Press. 2004. Felsenstein J. Inferring phylogenies. Sinauer Associates Inc. Publishers. LA RECONSTRUCTION PHYLOGÉNÉTIQUE Concepts et méthodes P. DARLU P.TASSY ISBN : 2-225-84229-9 ISSN : 0754-4405 Peut-on se mettre d'accord sur une ressemblance ? Et, d'abord, qu'est-ce que la ressemblance ? La ressemblance se dépare de l'inessentiel.
Elle est l'essentiel réintroduit dans le circuit des formes, des idées, des métaphores et des alliances - essentiel conservé des rapports entre objets et parentés d'objets. Edmond Jabès Le Livre des Ressemblances, 1976. TABLE DES MATIÈRES (see contents page X) Avertissement à la version électronique VII TABLE DES MATIÈRES IX CONTENTS X AVANT-PROPOS XI I.
DE LA GÉNÉALOGIE À LA PHYLOGÉNIE 1 1. De Lamarck à Haeckel 1 2. L'arbre phylogénétique 6 3. Quelques définitions majeures 7 3.1. Les sommets 7 3.2. Les liens 8 3.3. Réseaux et arbres 8 3.4. Variétés d'arbres 10 4. Combien d'arbres ? 11 II. LA PROBLÉMATIQUE PHYLOGÉNÉTIQUE .15 1. Le " triple parallélisme » 16 1.1. L'anatomie comparée 16 1.2. L'ontogénie 17 1.3. La paléontologie 18 2. Le concept de ressemblance .19 III. LES OBJETS DE LA PHYLOGÉNÉTIQUE : CARACTÈRES ET TAXONS 23 1. Les caractères .23 2. Les taxons 26 2.1. L'espèce et les taxons infra-spécifiques 27 2.2. Taxons supra-spécifiques 29 IV. LA MÉTHODE CLADISTIQUE .31 1. Qu'est-ce que l'analyse cladistique ? .31 1.1. Apomorphie, plésiomorphie et groupes naturels 31 1. 2) Images cladistiques .35 1.3. Cladogramme et arbre phylogénétique 35 1.4. Ancêtres 37 2. Homologie et orthologie 38 2.1. Définition et critères de l'homologie 38 2.2. Alignement et mutations multiples 40 3. Une méthode hypothético-déductive .41 3.1. Le principe de parcimonie 42 3.2. La notion de congruence 44 4. Les critères d'identification du sens de transformation des caractères 45 4.1. Le critère de comparaison extra-groupe 46 4.1.1. Combien d'extra-groupes ? 46 4.2. Le critère ontogénique 50 4.3. Les critères paléontologique et chorologique 57 4.4. Polarisation et construction cladistique 63 V. LES PROCÉDURES DE PARCIMONIE 69 1. La recherche de l'arbre le plus court .69 1.1. Modèles de parcimonie 70 1.2. Algorithmes exacts et heuristiques 72 1.3. Longueur de l'arbre, longueur des branches et optimisation des caractères 86 2. Les caractères : codage, optimisation, pondération .89 2.1. Caractères binaires et états multiples .89 2.2. Polymorphisme 102 2.3. Pondération des caractères et des transformations .104 3. L'enracinement de l'arbre .113 3.1. Racine et ancêtre 113 3.2. Racine et extra-groupe(s) 113 3.3. Racine : dichotomie et trifurcation 115 4. Mesures de l'homoplasie et comparaisons d'arbres 117 4.1. Mesures de l'homoplasie 117 4.2. Les arbres de consensus 120 4.3. Pondération successive 123 4.4. Les m