Introduction à la Phylogénie Moléculaire
Phylogénie
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5 Arbres phylogénétiques
Introduction à l'économie appliquée
Appliquée
MASTER ECONOMIE APPLIQUEE
2020/2021 ÉCONOMIE APPLIQUÉE
Master Economie appliquée Présentation Programme
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Tous droits r€serv€s  M/S : m€decine sciences, 2002Ce document est prot€g€ par la loi sur le droit d'auteur.

L'utilisation desservices d'ƒrudit (y compris la reproduction) est assujettie " sa politiqued'utilisation que vous pouvez consulter en ligne.https://apropos.erudit.org/fr/usagers/politique-dutilisation/Cet article est diffus€ et pr€serv€ par ƒrudit.ƒrudit est un consortium interuniversitaire sans but lucratif compos€ del'Universit€ de Montr€al, l'Universit€ Laval et l'Universit€ du Qu€bec "Montr€al.

Il a pour mission la promotion et la valorisation de la recherche.https://www.erudit.org/fr/Document g€n€r€ le 8 f€v. 2024 13:17M/S : m€decine sciencesBio-informatique (5)Phylog€nie et €volution mol€culairesMolecular phylogeny and evolutionPhilippe Lopez, Didier Casane et Herv€ PhilippeVolume 18, num€ro 11, novembre 2002URI : https://id.erudit.org/iderudit/000472arAller au sommaire du num€roƒditeur(s)SRMS: Soci€t€ de la revue m€decine/sciencesƒditions EDKISSN0767-0974 (imprim€)1958-5381 (num€rique)D€couvrir la revueCiter cet articleLopez, P., Casane, D. & Philippe, H. (2002).

Bio-informatique (5) : phylog€nie et€volution mol€culaires.

M/S : m€decine sciences, 18(11), 1146 1154.R€sum€ de l'articleLa phylog€nie mol€culaire a pour but de reconstruire les relations de parent€entre des s€quences de nucl€otides ou d'acides amin€s.

On peut ainsi €tudierles relations de parent€ entre les esp†ces qui les portent mais, aussi, l'€volutiondu g€nome.

En particulier, pour chaque famille multig€nique, on peutd€terminer l'importance relative des €v€nements de duplications et detransferts horizontaux de g†nes.

La fiabilit€ des m€thodes de reconstructionphylog€n€tique repose sur la compr€hension des m€canismes d'€volution dess€quences, un domaine qui a beaucoup progress€ ces derni†res ann€es.

Cela aabouti " une vision sans cesse plus correcte de l'arbre universel du vivant.L'€tude des contraintes fonctionnelles agissant sur les prot€ines b€n€ficie deces avanc€es.

En particulier, la d€tection, dans une prot€ine, des positions quisont soumises " une s€lection darwinienne est devenue assez performante,permettant de pr€dire les substitutions " l'origine d'un changement de fonctionet donc de guider les €tudes exp€rimentales.MEDECINE/SCIENCES2002 ; 18 : 1146-54M/Sn° 11, vol. 18, novembre 20021146Bio-informatique (5)Phylogénie etévolutionmoléculairesPhilippe Lopez, Didier Casane, Hervé PhilippeComme la si bien exprimé Dobzhansky (1900-1975), "rienna de sens en biologie, si ce nest à la lumière de lévolu-tion ». À lheure où la génomique et la " post-génomique» produisent dimportantes quantités de don-nées expérimentales, un des facteurs limitant reste leuranalyse bio-informatique.

Les approches évolutives decomparaison de séquences de nucléotides et/ou dacidesaminés, apparues il y a une trentaine dannées, consti-tuent un outil de choix.

Nous allons tout dabord nousintéresser, ici, à la phylogénie moléculaire, qui permet deretracer les relations généalogiques entre les gènes (etdonc entre les espèces qui les portent), puis aux méthodesqui permettent de détecter, au niveau nucléotidique, lac-tion de la sélection naturelle.Principes de reconstruction des phylogénies moléculairesPour construire une phylogénie, il faut disposer de carac-tères comparables entre tous les objets (cest-à-diregènes ou espèces) que lon veut analyser.

En dautrestermes, les objets analysés doivent être " suffisammentsimilaires » pour être comparés.

Si cest le cas, on dit deces caractères quils sont homologues cest-à-dire quonformule lhypothèse selon laquelle la similitude observéeest due au fait que les caractères sont issus dun ancêtrecommun et quils se sont progressivement modifiés au fildes générations.

Pour les séquences de protéines ou dADN,cette étape de comparaison est celle de lalignement.

Lesprogrammes dalignement automatique sont très efficacespour les régions de forte similitude (plus de 50% des posi-tions de lalignement portent des nucléotides ou des acidesaminés identiques) mais ne le sont pas pour les séquencesplus divergentes, même si lutilisation de la structure tridi-mensionnelle améliore parfois sensiblement les résultats.Après un alignement automatique, une étape cruciale, tropsouvent négligée par les non spécialistes, est donc de laf-finer manuellement et, avant tout, de retirer de lanalyseles régions où lalignement est " ambigu » (choix souventsubjectif, car la mise au point de méthodes automatiquesse révèle extrêmement délicate) [1].> La phylogénie moléculaire a pour but dereconstruire les relations de parenté entre desséquences de nucléotides ou dacides aminés.On peut ainsi étudier les relations de parentéentre les espèces qui les portent mais, aussi,lévolution du génome.

En particulier, pourchaque famille multigénique, on peut déterminerlimportance relative des événements de dupli-cations et de transferts horizontaux de gènes.

Lafiabilité des méthodes de reconstruction phylo-génétique repose sur la compréhension desmécanismes dévolution des séquences, undomaine qui a beaucoup progressé ces dernièresannées.

Cela a abouti à une vision sans cesseplus correcte de larbre universel du vivant.Létude des contraintes fonctionnelles agissantsur les protéines bénéficie de ces avancées.

Enparticulier, la détection, dans une protéine, despositions qui sont soumises à une sélection dar-winienne est devenue assez performante, per-mettant de prédire les substitutions à loriginedun changement de fonction et donc de guiderles études expérimentales.