En 1866, le biologiste allemand Ernst Haeckel invente le terme de « phylogénie » pour désigner cette relation de filiation qui unit les êtres vivants.
Une classification phylogénétique suppose que l'on regroupe les êtres vivants en fonction de leurs liens de parenté.
Tout groupe systématique (ou « taxon ») renferme donc des êtres vivants proches entre eux génétiquement (ce qui n'est pas toujours corrélé à une ressemblance phénotypique globale).
Désormais, l'utilisation de phylogénies permet, non seulement de mieux comprendre l'évolution des gènes [4, 6], mais aussi de mettre en évidence des transferts horizontaux de gènes entre espèces [7], d'identifier des événements de recombinaison entre virus [8], de retracer l'histoire d'une épidémie [9], de dater des