Par exemple, au point d'embranchement donnant naissance aux espèces A et B, nous trouvons l'ancêtre commun le plus récent de ces deux espèces.
Au point d'embranchement juste au-dessus de la racine de l'arbre, nous trouvons l'ancêtre commun le plus récent de toutes les espèces de l'arbre (A, B, C, D, E).
La classification phylogénétique est destinée à apporter des informations sur le degré de parenté entre les êtres vivants et donc sur l'évolution des espèces.
C'est pourquoi, elle classe les êtres vivants en se fondant sur les caractéristiques qu'ils partagent (vertèbres, plumes, bec, etc.)
Il permet d'identifier les homologies et les homoplasies.
L'arbre phylogénétique montre la succession des émergences des groupes d'organismes vivants au cours du temps, mais surtout leurs relations de parenté.
Il est fondé sur l'analyse de nombreux caractères chez les espèces qu'il présente.