Un aquifère est un corps (couche, massif) de roches perméables comportant une zone saturée suffisamment conductrice d'eau souterraine pour permettre l'écoulement significatif d'une nappe souterraine et le captage de quantité d'eau appréciable.
Les aquifères de roches cristallines (granite, gneiss,…) et volcaniques (laves, cendres) stockent l'eau dans les fissures et les zones altérées (arènes).
Ils abritent de petites nappes et sont fréquents en Bretagne, dans les Alpes, le Massif central, les Pyrénées.