Les eaux usées présentent un risque sanitaire direct de par la présence d'organismes pathogènes, comme des bactéries (p. ex., choléra, salmonella, shigella), de virus (p. ex., virus de l'hépatite, entérovirus, poliovirus, virus de Norwalk) et de parasites (p.
L'irrigation présente deux inconvénients majeurs pour les milieux aquatiques : elle est grande consommatrice d'eau et peut accélérer la désertification de certaines régions.
Au niveau mondial, les prélèvements en eau de l'irrigation représentent aujourd'hui environ 70 % des prélèvements totaux, ce qui est énorme.
L'impact des eaux usées sur l'environnement peut être dévastateur.
Les eaux usées contiennent des polluants tels que des bactéries, des métaux lourds, des nutriments et d'autres toxines qui peuvent polluer les cours d'eau, contaminer le sol et les eaux souterraines, et nuire à la faune.