La conception et l'organisation des locaux doivent être réfléchies en amont, respectant la direction du flux des opérations de traitement, et isolant les zones entre elles, grâce à des zones d'atmosphère contrôlée.
Le niveau de confinement doit correspondre au type d'échantillons manipulés et au risque biologique lié.
On peut dire que l'objectif général du laboratoire est de fournir des données analytiques d'une exactitude et d'une fiabilité adéquates en un laps de temps acceptable et pour un coût convenable.
Les objectifs en matière de qualité doivent être aussi réalistes que ceux concernant d'autres domaines.