Le terme « microbe », ou « micro-organisme », englobe une variété d'espèces très différentes, qu'elles soient procaryotes (bactéries) ou eucaryotes (champignons).
Les virus quant à eux sont à la limite du vivant.
Il existe différentes familles de microbes, chacune composée de milliers d'espèces: les bactéries, les virus, les protozoaires et les champignons.
Les microbes sont présents dans tous les milieux : dans l'eau, sur la terre, en suspension dans l'air… mais également dans le corps humain pour constituer ce que l'on appelle le microbiote.