Constitués principalement d'argilites, de schistes et de grès argileux avec des niveaux de calcaire.
Le fleuve Niger les recoupe sur toute sa longueur.
Ces aquifères reçoivent entre Goundam et Tombouctou un apport peu important des eaux d'inondation du delta.
Leur épaisseur varie de moins de 100 m à plus de 400 m.
Le bassin du Niger est situé au cœur de l'Afrique de l'Ouest comme l'indique la carte.
Comme un atout majeur, le fleuve Niger et ses affluents constituent des liens vitaux entre les neuf pays riverains : Bénin, Burkina Faso, Cameroun, Côte d'Ivoire, Guinée, Mali, Niger, Nigeria et Tchad.
le haut Niger reçoit les eaux des rivières Tinkisso, Niandan, Milo et Sankarani ; le delta central du Niger est arrosé par le Bani ; le Niger moyen bénéficie de l'apport des affluents Gorouol, Dargol, Sirba, Tapoa, Goroubi, Diamangou, Mékrou, Alibori et Sota.