Les critères microbiologiques applicables aux denrées alimentaires sont définis dans le règlement CE n°2073/2005 modifié par le règlement (CE) n°1441/2007, et/ou par des références applicables aux denrées alimentaires en tant que critères indicateurs d'hygiène des procédés par les interprofessions du secteur concerné ( 22 sept. 2020
Les critères microbiologiques font partie des mesures de gestion de risques microbiologiques tels que les salmonelles.
Ils déterminent combien de micro-organismes, de toxines ou de marqueurs de micro-organismes (p. ex. gènes) une quantité donnée d'un aliment peut contenir à un moment spécifique.