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Initiation à la bio-informatique Module 2 : Alignement de séquences

Quel est l'intérêt général d'aligner deux séquences ?
L'alignement des séquences est utilisé dans deux situations : pour comparer des séquences homologues, de longueur comparable, pour comparer un gène et l'ARNm qui en est issu pour mettre en évidence la structure morcelée des gènes d'eucaryotes et repérer exons et introns.
Comment calculer le score d'un alignement ?
Le calcul du score d'alignement est plus intéressant : il consiste à attribuer à chaque correspondance un score élémentaire ; par exemple : identité +1, mésappariement 0, brèche -1.
Pour l'alignement parfait de deux séquences de 32 nucléotides, le score serait de 32.
Pourquoi Réalise-t-on un alignement multiple des séquences préalablement à leur analyse phylogénétique ?
L'alignement multiple permet entre autres d'identifier les régions très conservées qui sont en général associées à des fonctions biologiques importantes, conservées dans l'Évolution.
On se propose d'utiliser l'outil « Blast » pour rechercher si cette séquence se retrouve chez l'Homme actuel.
Se rendre à l'adresse suivante : https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi puis cliquer sur « Nucléotide Blast ».

Quel est l'intérêt général d'aligner deux séquences ?