Les élevages aquacoles sont une menace pour la faune sauvage.
Les antifongiques, pesticides et autres produits chimiques contaminent les eaux.
Les animaux qui s'échappent des enclos propagent les maladies contractées dans les élevages à leurs congénères sauvages.
L'aquaculture offre des solutions de rechange pour la pêche en mer.
L'augmentation de la demande de produits alimentaires et la mondialisation ont entraîné une augmentation de la pêche.
Cependant, cela a conduit les pêcheurs à devenir égoïstes et à surpasser les espèces recherchées ou à forte demande.
Ces objectifs dépendront du but de l'exploitation aquacole: s'il s'agit de maximiser la production, maximiser l'efficacité, réduire les intrants, relâcher des poissons pour une pêche fondée sur l'élevage, ou aider à rempoissonner des espèces menacées d'extinction ou mises en danger.