Chaque ligne horizontale de notre arbre représente une série d'ancêtres menant jusqu'à l'espèce.
Par exemple, la ligne menant à l'espèce E représente les ancêtres de cette espèce-là, à partir du moment où elle s'est différenciée des autres espèces de l'arbre.
Sur un arbre phylogénétique, les ancêtres sont représentés par la jonction des branches (2 branches ou plus).
Donc, en gros, plus une branche sera longue plus les séquences correspondantes seront éloignées en terme d'évolution par rapport à son ancêtre et entre elles.
Dans un arbre de parenté, toutes les espèces sont placées au bout des branches, les ancêtres communs sont placés aux nœuds et les caractères sont placés sur les branches. 1- Positionner, sur cet arbre de parentés, l'apparition des caractères (comme cela a déjà été fait pour les mâchoires et l'amnios).