Selon les conceptions actuelles, les trois facteurs limitants majeurs de la qualité des protéines des aliments et des régimes sont la quantité totale de protéines, la composition en acides aminés de ces protéines, et la disponibilité métabolique de ces acides aminés.
Pour une protéine ou un aliment protéiné déterminé, la première étape consiste à analyser les acides aminés essentiels présents.
Cette donnée est ensuite comparée à la protéine de référence.
Si l'un des acides aminés essentiels est absent ou en déficit, les autres sont moins bien absorbés par l'organisme.
Pour évaluer la qualité nutritionnelle d'une protéine, les scientifiques ont mis au point un indice chimique qui traduit la richesse de la protéine en acides aminés essentiels.
La protéine parfaite en la matière, et donc utilisée comme référence, est celle du blanc d'œuf.