La modélisation moléculaire consiste à construire des modèles des molécules ou d'ensemble de molécules, dans le but de mieux en comprendre la structure et les autres propriétés physico-chimiques.
Du point de vue du chimiste, une molécule est un assemblage d'atomes liés entre eux par les liaisons chimiques.
Il existe deux types de modèles moléculaires : les modèles éclatés et les modèles compacts.
Dans le modèle compact, les liaisons entre les atomes ne sont pas représentées.
Les atomes liés sont accolés les uns aux autres et sont représentés par des sphères tronquées.
Un modèle moléculaire est un modèle physique qui représente des molécules et leurs processus.
Dans cet article, le "modèle moléculaire" fera principalement référence aux systèmes contenant plus d'un atome et où la structure nucléaire est négligée.