La modélisation moléculaire est utilisée pour simuler le comportement moléculaire dans des systèmes chimiques ou biologiques (Leach, 1996).
En conséquence, il s’agit de l’une des principales techniques travaillant avec un large éventail d’applications, telles que la conception de médicaments, les biomatériaux, les matériaux émergents et la spectroscopie.
La modélisation moléculaire décrit la génération, la représentation et/ou la manipulation de la structure 3D de molécules chimiques et biologiques, ainsi que la détermination des propriétés physicochimiques qui peuvent aider à interpréter la relation structure-activité (SAR) des molécules biologiques.
Les logiciels concernés sont notamment MarvinSketch (éditeur de molécules 2D/3D très complet) et Jchem, un plugin adossé aux outils Microsoft (Word, Excel, PowerPoint, Outlook).
MarvinSketch propose beaucoup de formats en import/export et permet également de calculer des propriétés de molécules.