Dans le cadre d'une association, et ce, en ce qui concerne la mission générale de certification des comptes annuels, le commissaire aux comptes émet généralement deux rapports : Le rapport sur les comptes annuels ; Le rapport spécial sur les conventions réglementées.22 mar. 2016
Les sociétés, quelles que soient leurs formes, doivent faire certifier leurs comptes si deux des trois seuils suivants sont dépassés : 4 000 000 € de bilan ; 8 000 000 € de chiffre d'affaires HT ; 50 salariés.
Le commissaire aux comptes peut formuler une certification avec réserves pour désaccord ou pour limitation.
On parle de désaccord lorsque des anomalies ont été relevées au cours de l'audit, qu'elles n'ont pas été corrigées mais qu'elles sont clairement circonscrites.