Qu'est-ce que la phylogénie moléculaire ?
Nous allons tout d’abord nous intéresser, ici, à la phylogénie moléculaire, qui permet de retracer les relations généalogiques entre les gènes (et donc entre les espèces qui les portent), puis aux méthodes qui permettent de détecter, au niveau nucléotidique, l’action de la sélection naturelle.
Quels outils logiciels sont utilisés pour l'analyse phylogénétique ?
Les sessions pratiques porteront sur l’application de ces méthodes pour l’analyse phylogénétique de différents types de données (similarités génomiques, marqueurs moléculaires, données phylogénomiques) à l’aide d’outils logiciels adaptés (e.g. SeaView, FastME, PhyML, IQ-TREE, PAML).
Comment faire une analyse phylogénétique ?
Tip 1. Utilisez "" afin de chercher une expression exacte. Tip 2. Utilisez + afin de rendre obligatoire la présence d'un mot. Tip 3. Utilisez + et - afin de forcer une inclusion ou exclusion d'un mot. Yahoo! Calendar Ce cours a pour objectif d’enseigner les bases théoriques et pratiques nécessaires à la conduite d’analyses phylogénétiques.
Pourquoi les phylogénies sont-elles si difficiles ?
En effet, les phylogénies fondées sur un seul gène sont souvent mal résolues (trop peu de signal) et sont rendues difficiles par les changements de vitesse d’évolution (d’où des artéfacts dus à l’attraction des longues branches) (Figure 2) . Figure 2. Phylogénie du gène D1 codant pour un récepteur de la dopamine.
Un nouvel algorithme pour retrouver les relations phylogénétiques
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