Elle tend peu à peu à remplacer la classification classique.
Son principe est de se baser sur l'arbre phylogénétique (comme un arbre généalogique) qui relie les espèces, c'est-à-dire de classer ces espèces suivant leurs ancêtres communs plus ou moins éloignés, à partir desquels il ont évolué.
Les champignons sont des eucaryotes pluricellulaires ou unicellulaires.
Le taxon « champignon » est devenu ambigu et considéré par la science actuelle comme obsolète car il ne désigne pas un groupe monophylétique mais plusieurs taxons distincts.