La notion d'écosystème regroupe toutes les échelles : de la Terre au simple caillou en passant par la flaque d'eau, la prairie, la forêt, et les organismes vivants eux-mêmes.
Chacun constitue un écosystème à part entière.
Dans chaque écosystème se trouve un ou plusieurs réseaux trophiques (ou « chaînes alimentaires »).
la synécologie, ou écologie des communautés, qui étudie les écosystèmes ; à une échelle plus large, les écosystèmes forment des ensembles étudiés par l'écologie des paysages ; l'écologie globale, qui étudie l'écologie à l'échelle de l'écosphère ou biosphère (totalité des milieux occupés par des êtres vivants).