1L'unité de la philosophie chez Descartes est pensée au moyen de la figure bien connue de l'arbre de la philosophie : « Toute la philosophie est comme un arbre, dont les racines sont la métaphysique, le tronc est la physique, et les branches qui sortent de ce tronc sont toutes les autres sciences qui se réduisent à
règles de la méthode de Descartes.
Dans le Discours de la méthode, Descartes énonce quatre règles : la règle d'évidence, la règle de l'analyse (division du complexe en éléments simples), la règle de l'ordre (ou de la synthèse), la règle du dénombrement (ou de l'énumération).
Sa règle : « Ne recevoir jamais aucune chose pour vraie que je ne la connusse évidemment être telle ». À douter de tout – de Dieu, de la liberté, du bien, du mal… – que reste-t-il ? Une seule et unique certitude : Descartes reste l'auteur de ses propres pensées.