La séparation de l'ordonnateur et du comptable public est un principe fondamental de la comptabilité publique.
C'est ainsi qu'en matière de dépenses, l'ordonnateur est chargé de l'engagement, de la liquidation et du mandatement des dépenses, et le comptable de leur prise en charge et de leur paiement.
La comptabilité publique est directement inspirée du PCG-Plan comptable général applicable au secteur privé.
C'est ainsi que la comptabilité établi la partie double, distingue les opérations en sections de fonctionnement et d'investissement, procède aux amortissements et provisions et gère ses opérations patrimoniales.
Les comptables publics sont principaux ou secondaires.
Les comptables principaux sont ceux qui rendent directement leurs comptes au juge des comptes.
Les comptables secondaires sont ceux dont les opérations sont centralisées par un comptable principal.