Un modèle moléculaire est un modèle physique qui représente des molécules et leurs processus.
Dans cet article, le "modèle moléculaire" fera principalement référence aux systèmes contenant plus d'un atome et où la structure nucléaire est négligée.
Un modèle physique est une représentation matérielle simplifiée et, en général, à une échelle réduite d'une situation problématique.
Ce modèle permet de simuler les conditions physiques (température, onde, vitesse, etc.)