Dans l'espace, on utilise le modèle compact renseignant sur l'encombrement de la molécule ou le modèle éclaté, qui renseigne sur la géométrie.
On utilise aussi la représentation de Cram qui renseigne sur la géométrie et la projection de Newman, qui permet d'étudier les conformations d'une molécule organique.
Par représentation spatiale, on peut entendre trois modalités de relation à l'espace qui peuvent se superposer : il s'agit des représentations d'un espace, des représentations par l'espace et des représentations dans l'espace.
Représentation de Cram
Dans cette représentation, une liaison entre deux atomes qui sont dans le même plan, ici dans le plan d'une feuille, est représentée par un trait plein.
Une liaison entre un atome dans le plan et un atome en avant de ce plan est représentée par un triangle plein.