Les avantages sont l'amélioration d'espèces végétales d'intérêt économique, l'amélioration de la productivité de l'agriculture et la fabrication de nouveaux produits par les plantes, comme par exemple des molécules thérapeutiques ou des sources renouvelables d'énergie.
Les applications sont très nombreuses, allant de l'amélioration des espèces végétales d'intérêt économique à l'accroissement de la productivité, la fabrication de nouveaux produits (plantes usines), la production de sources d'énergie renouvelable, etc.
Toutefois, la biotechnologie peut offrir des avantages dans des domaines comme la gestion du bétail, l'entreposage des produits agricoles et le maintien des rendements des cultures actuels, tout en réduisant l'utilisation des engrais, des herbicides et des pesticides.