Dans la pratique, on peut distinguer 3 secteurs : les pêches maritimes, la conchyliculture (production de coquillages : huîtres, moules…) et les autres formes d'aquaculture (la pisciculture essentiellement et l'algoculture), ce qui induit des enjeux différents.
À la différence de la pêche, l'aquaculture implique non seulement une intervention de l'homme dans le processus de production (alevinage, alimentation, protection contre les prédateurs, etc.) mais aussi la propriété du stock exploité, tout au long du cycle d'élevage, par une personne juridiquement identifiée.
La pêche illicite, non déclarée et non réglementée et ses répercussions négatives sur les efforts déployés aux niveaux national et régional pour assurer une gestion durable à long terme des pêches, est l'un des principaux problèmes inhérents aux pêches de capture.