Darwin ne voit alors qu'une seule explication à ce paradoxe : autrefois les pinsons des îles Galápagos étaient bien de la même espèce que ceux de l'Équateur, mais ils se sont transformés au cours du temps (évolution) et donc aujourd'hui ils ne sont plus de la même espèce.
Les plus importantes différences entre ces espèces se trouvent dans la taille et la forme du bec.
Ces variations s'expliquent par les pratiques alimentaires propres à chaque espèce.
Les oiseaux sont tous bruns ou noirs.
Selon l'environnement, les individus d'une même population sont soumis à des pressions de sélection qui exercent un tri orienté de la diversité génétique, faisant de la sélection naturelle un des aspects majeurs de la biodiversité, sur la planète, comme au sein des écosystèmes et des populations.