Mise en place seule, conçue comme une fin en soi, l'intelligence collective peut entraîner une perte d'autonomie et de responsabilité chez les collaborateurs.
Dans ces conditions, l'organisation est privée de leadership et donc de capacité à se développer, voire à perdurer.
Dans le monde du travail, l'intelligence collective est une organisation reposant sur la capacité à faire travailler ensemble des profils divers et variés (salariés, collaborateurs externes, clients, fournisseurs) contribuant à un même projet.
L'intelligence collective est ainsi limitée par des effets de groupe (conformisme, crainte, fermeture, absence de procédure, homogénéité idéologique), au point que l'individu seul peut parfaitement être plus intelligent que tout un groupe car, il conserve mieux sa pensée critique seul que sous l'influence du groupe.