Bien que l’invention du terme « épistémologie historique » soit en fait attribuable à Abel Rey, dans sa thèse de doctorat publiée en 1907 3, c’est à Gaston Bachelard que l’on a souvent attribué la paternité de ce type d’épistémologie, qui a ensuite été illustrée et renouvelée par Georges Canguilhem et Michel Foucault, parmi d’autres.
Ainsi, les premiers écrits concernant l’épistémologie de l’histoire relèvent de philosophes comme Spengler, Toynbee, Valéry. Mais ils furent à leur époque rejetés par la communauté historienne. En outre, les historiens considéraient que la pratique de leur métier devait s’éloigner des concepts généraux développés par la philosophie.
15 L’un des domaines privilégiés de l’épistémologie historique a longtemps été constitué par les études sur l’histoire de la médecine et les sciences de la vie.
Dans le domaine des sciences de la vie, Nicola Bertoldi s’interroge sur la possibilité d’une épistémologie historique de la génétique des populations, en considérant celle-ci comme une « région épistémologique » au sens bachelardien.