Les comptes spéciaux du Trésor sont des comptes ouverts dans les écritures du Trésor pour retracer les dépenses et les recettes effectuées en dehors du budget de l'État par des services qui ne sont dotés ni de la personnalité juridique ni de l'autonomie financière.
Les comptes spéciaux et les budgets annexes permettent de limiter : le recours à des procédés tendant à sortir des dépenses du champ du budget de l'État pour les faire supporter par d'autres acteurs (débudgétisation) ; la création d'établissements publics.