Sur le plan littéraire, il est principalement connu pour Les Rougon-Macquart, une fresque romanesque en vingt volumes dépeignant la société française sous le Second Empire qui met en scène la trajectoire de la famille des Rougon-Macquart, à travers ses différentes générations et dont chacun des représentants, d'une
Publie les Contes à Ninon (1864), puis son premier roman, La Confession de Claude (1865).
Bien que ses livres puissent quelquefois paraître arides, ils renferment une puissante étude sociologique de l'époque du Second Empire, en plus d'une analyse psychologique des plus pertinentes de chacun des personnages.