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Fédération de Bactériologie Virologie et Hygiène hospitalièreURMITE CNRS-IRD UMR 6236
1 15 esJNI, Bordeaux
du 11 au 13 juin 2014 2Moleculardetectionand
identificationMetagenomicsSequencingPCRSyndrome and disease-
-basedsamplingkitsPoint of care (POC)
laboratory assays< 2 hoursReal-time PCRImmunochromatographic
or agglutination assayReal-time
genome sequencingNew or
atypical bacteriumDirect examination
and cultureAutomatedblood
culture monitoringDiversified culture conditionsPhenotypicidentification and
antibioticsusceptibilitytestingAutomatedbiochemical
phenotypeand antibiogramMALDI-TOF MSManualbiochemotype
and antibiogramPhenotypicmicroarray
Strain
collectionLocal, national and
/or international alertSMS message,
Laboratory
websiteTransport
Unidentified
or unusual bacterium Core laboratory 15 esJNI, Bordeaux
du 11 au 13 juin 2014 3 Nouvelles applications de la spectrométrie de masse au laboratoire de Microbiologie 15 esJNI, Bordeaux
du 11 au 13 juin 2014Identification de souche bactérienne
identification directe sur flacon d'hémoculturesIdentification directe sur les urines
Biotypage
des bactéries detection d'une épidémieSurveillance d'une épidémie
Identification de clones
Détection rapide de la résistance aux antibiotiques par MALDI-TOF Carbapénémases chez les bactéries à gram négatif Nouvelles applications de la spectrométrie de masse au laboratoire deMicrobiologie
15 esJNI, Bordeaux
du 11 au 13 juin 2014 Apport de la Spectrométrie de masse pour le diagnostic microbiologique 5 Micro -organisme inconnuDépôt sur une cible
Analyse MALDI-TOF
Interprétation des données
Banque de données
15 esJNI, Bordeaux
du 11 au 13 juin 2014Interprétation des résultats
6 •Comparaison par souches •3 niveaux d'identification -Log supérieur ou égal à 2: identification d'espèce -Log entre 1,7 et 2,0: identification de genre - Log < à 1,7: absence d'identification Incrémentation de la Base de données Bruker BiotyperBiologie moléculaire
15 esJNI, Bordeaux
du 11 au 13 juin 2014Performances des différents
Spectromètre disponible pour la microbiologie
15 esJNI, Bordeaux
du 11 au 13 juin 2014 Problèmes d'identification :Discordance MALDI_Tof et identification classiquePhénotypique en spectrométrie de masse
15 esJNI, Bordeaux
du 11 au 13 juin 2014 15 esJNI, Bordeaux
du 11 au 13 juin 2014 Identification phénotypique classique / spectrométrie de masse •Problèmes du choix du système d'identification: -Gram -Tests d'orientation (catalase, oxydase...) •Diversité phénotypique: -Base de données: nombre importants de souches par espèce -Chevauchement des phénotypes •Choix multiples •Souches déficientes - Variant -Inoculum insuffisant •Choix préalable inutile •Colonie ou échantillon hémoculture/urines • Une seule base de donnée pouvantêtre constituée par une seule
souche par espècemodulable •Profils protéiques provenant en grande partie par des protéines ribosomales • Résultat rapide •Coût concurrentiel 15 esJNI, Bordeaux
du 11 au 13 juin 2014 2 6 4 9 0 1 2 3 45678910
2005200620072008
N° of patient
year18 souches
Issues de13 patients
Détection d'une épidémie
Corynebacterium -
-rpoB 15 esJNI, Bordeaux
du 11 au 13 juin 2014Surveillance d'une épidémie
01002003004005006007008009001000
MSP Dendrogram
Distance Level
C1 C2 C3 C4 C5Origine
Patients non-
Patients
Staphylococcus aureus et mucovicidose
Clusters identification de phénotypes
15 esJNI, Bordeaux
du 11 au 13 juin 2014Epidémie et origine géographique
Klebsiella
pneumoniae01002003004005006007008009001000
K. pneumoniae SKP3
K. pneumoniae SKP4
K. pneumoniae SKP2K. pneumoniae SKP8
K. pneumoniae OKP5
K. pneumoniae OKP9K. pneumoniae SKP14
K. pneumoniae SKP7
K. pneumoniae SKP9K. pneumoniae SKP15
K. pneumoniae SKP29
K. pneumoniae OKP15
K. pneumoniae KP61K. pneumoniae KP74
K. pneumoniae SKP28
K. pneumoniae SKP27K. pneumoniae KP63
K. pneumoniae OKP8
K. pneumoniae KP73K. pneumoniae KP78
K. pneumoniae OKP10
K. pneumoniae KP62
K. pneumoniae SKP22K. pneumoniae OKP13
K. pneumoniae SKP23
K. pneumoniae SKP26K. pneumoniae KP80
K. pneumoniae KP70
K. pneumoniae KP76K. pneumoniae KP77
K. pneumoniae SKP30
K. pneumoniae OKP7
K. pneumoniae OKP3K. pneumoniae OKP6
K. pneumoniae SKP1
K. pneumoniae KP64K. pneumoniae KP98
K. pneumoniae SKP25
K. pneumoniae KP79K. pneumoniae SKP6
K. pneumoniae KP101
K. pneumoniae KP83
K. pneumoniae SKP17K. pneumoniae SKP21
K. pneumoniae KP95
K. pneumoniae KP69K. pneumoniae KP81
K. pneumoniae OKP11
K. pneumoniae KP96K. pneumoniae OKP1
K. pneumoniae KP82
K. pneumoniae SKP16
K. pneumoniae KP102K. pneumoniae KP65
K. pneumoniae KP85
K. pneumoniae KP86K. pneumoniae KP90
K. pneumoniae OKP4
K. pneumoniae KP67K. pneumoniae KP87
K. pneumoniae KP88
K. pneumoniae OKP14
K. pneumoniae KP68K. pneumoniae KP92
K. pneumoniae OKP12
K. pneumoniae KP93K. pneumoniae 129
K. pneumoniae OKP2
K. pneumoniae 131K. pneumoniae CSUR P130
K. pneumoniae KP89
K. pneumoniae SKP20
K. pneumoniae 128K. pneumoniae 130
K. pneumoniae 64
K. pneumoniae 108K. pneumoniae 63
K. pneumoniae 67
K. pneumoniae 121K. pneumoniae 88
K. pneumoniae 1
K. pneumoniae 116
K. pneumoniae 27K. pneumoniae 52
K. pneumoniae 65
K. pneumoniae 34K. pneumoniae 36
K. pneumoniae 109
K. pneumoniae 169K. pneumoniae 79
K. pneumoniae 117
K. pneumoniae 7
K. pneumoniae 113K. pneumoniae 40
K. pneumoniae 115
K. pneumoniae 19K. pneumoniae 82
K. pneumoniae 123
K. pneumoniae 5K. pneumoniae 2
K. pneumoniae 38
K. pneumoniae 74
K. pneumoniae 62K. pneumoniae 3
K. pneumoniae 32
K. pneumoniae 6K. pneumoniae 77
K. pneumoniae 94
K. pneumoniae 110K. pneumoniae 78
K. pneumoniae 20
K. pneumoniae 125
K. pneumoniae 119K. pneumoniae 76
K. pneumoniae 98
K. pneumoniae 66K. pneumoniae 17
K. pneumoniae 90
K. pneumoniae 23K. pneumoniae 31
K. pneumoniae 10
K. pneumoniae 144
K. pneumoniae 16K. pneumoniae 60
K. pneumoniae 96
K. pneumoniae 75K. pneumoniae 86
K. pneumoniae 97
K. pneumoniae 112K. pneumoniae 118
K. pneumoniae 80
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