Construction d’arbres phylogénétiques
l’arbre le plus parcimonieux (voir cours) Si les cas avec de nombreux taxons nécessitent l’usage de l’outil informatique, il est possible de construire à la main des arbres sur des échantillons comprenant peu de taxons (4 maximum dont l’intragroupe) Une lanche annexe d’arbres viergesp sera utilisé pour ces travaux
Réseaux phylogénétiques pour la visualisation de données
Reconstruction d'un arbre pour chaque gène présent chez plusieurs espèces Guindon & Gascuel, SB, 2003 Réconciliation ou consensus d'arbres Reconstruction de réseaux phylogénétiques G1 G2 T1 T2 espèce 1 : AATTGCAG TAGCCCAAAAT espèce 2 : ACCTGCAG TAGACCAAT espèce 3 : GCTTGCCG TAGACAAGAAT espèce 4 : ATTTGCAG AAGACCAAAT
APP3 : Arbres phylogénétiques
Un arbre phylogénétique est un arbre schématique qui montre les relations de parenté entre des groupes d’êtres vivants Au sein d’un arbre phylogénétique, un groupe d’organismes est défini par une caractéristique, commune à tous les organismes de ce groupe Cette caractéristique, issue de
Des réseaux phylogénétiques pour visualiser les différences
Pour 5 taxons ou plus, pour tout arbre, il existe une taille de population et des longueurs de branches telles que l'arbre des gènes le plus vraisemblable est différent de l'arbre des espèces (Degnan & Rosenberg, 2006) + permettent un consensus plus fiable (Degnan, DeGiorgio, Bryant & Rosenberg, 2008)
Support de cours Introduction à la phylogénie
Arbre enraciné Arbre sans racine espèce 2 espèce 1 espèce 3 espèce 4 espèce 5 espèce 6 Dans un arbre sans racine, les liens entre nœuds ne sont pas orientés et un seul et unique chemin permet de passer d’un sommet à l’autre Notions de base : arbres phylogénétiques
Utilisation des arbres phylogénétiques en biologie évolutive
Arbre 5 poly 1 Radiation adaptative : le fait d’avoir aquis un aratère partiulier permet une multipliation très forte du nom re d’espèes 25 espèes d’éureuil aux USA alo rs qu’une seule espèe en Europe Pourquoi ? Pour parler de radiation adaptative, il faut trouver le aratère qui en est à l’origine Exemples
Méthode du maximum de vraisemblance - silicobiotoulfr
Si un arbre est robuste, c’est-à-dire fortement soutenu par les données, alors sa variance sera faible Si un arbre est peu robuste alors il présentera une grande variabilité Le bootstrap non paramétrique (appelé couramment bootstrap) est la méthode la plus couramment utilisée pour mesurer les incertitudes sur les arbres
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