dendrogramme construit avec la méthode UPGMA a permis un regroupement des cultivars L’analyse de la structure génétique basée sur les marqueurs allozymiques a donné les valeurs suivantes : 18 95 pour le pourcentage de loci polymorphes (P), 1 21 pour le nombre moyen
21 caractères morphologiques Les dendogrammes, établis suivant la méthode UPGMA basés sur les données fournies par les protéines et l'ADNsont congruents Le groupement des races A et B de M hap/a montre une similarité élevée, les trois espèces
construire les arbres de faisceau par la méthode d’UPGMA L’évaluation des rapports génétiques entre les races a mis en évidence deux groupes de races clairement distincts : un groupe composé des races Rouge Anatolien Est et Simmenthal, et un deuxième groupe comprenant les races Brown Swiss et Zavot
la méthode phénétique UPGMA et « single linkage », puis par l'analyse de corrélations entre les matrices de similitude La classification basée sur les caracteres dentaires mOÍltre un plus grand pouvoir de discrimination que celle fondée sur les caracteres externes et squelettiques, qui ne suffit pas a distinguer les 21 esperes Elle a par
0 à 0,49, la moyenne étant de 0,28 ± 0,08 (moyenne ± déviation standard) Le dendrogramme (méthode UPGMA) et l’analyse factorielle des correspondances (AFC) ont montré que la structure génétique est influencée par la provenance géographique
2 Un exemple simple : la méthode "UPGMA" (WPGMA) 3 Difficultés posées par les données moléculaires a Orthologie, pa ralogie, métalogie b Vite sses d’évolution c Problème des divergences très anciennes ou très récentes d Solutions à ces problèmes D Évaluation de la fiabilité des arbres 1 Analyse de la robustesse 2
génétique D et Dm de Nei, fode Cavalli-Sforza, do Gregorius, méthode UPGMA de Sneath et Sokal, analyse des composantes principales et des données centrées) ont été
méthode cladistique - savoir replacer un[e] Embryophyte dans cette classification - établir la diversité globale et discuter du polyphylétisme de l’ensemble des organismes photosynthétiques Introduction Les organismes photosynthétiques comprennent des organismes capables de
Cette méthode de constitution de pools est présentée comme une étape de présélection, permettant la conservation de la diversité et préparation matériel génétique original,
lonnage a été effectué selon la méthode de Ghetti (1986), en contre-courant, le long d'un transect obli que idéal, entre les deux rives, pour prélever dans tous les principaux microhabitats du lit : l'ensem ble du transect constitue un seul prélèvement On a pu utiliser ce procédé dans toutes les stations
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22 Les dendrogrammes - evolution-biologiquefr
classées en fonction de leurs ressemblances La méthode agglomérative dite UPGMA, abréviation anglaise de Unweighted Pair Group Method with Arlthmetic Mean, a été très employée par les phénéticiens pour traiter les données moléculaires (séquençage, etc ) Si la notion de l'horloge moléculaire est admise ; elle implique que le taux de
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Alignement multiple de séquences
Méthode UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean) : 1) Regroupement des 2 séquences présentant la distance minimale 2) Mise à jour de la matrice des distances 3) Itérations jusqu'à obtenir un seul cluster
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31 Introduction: l'arbre phylogénétique 32 Les
A Méthode UPGMA ("unweighted pair-group method with arithmetic mean"): algorithme simple produisant des arbres à branches non proportionnelles à la divergence moléculaire Övalable si les taux d'évolution varient peu entre les différentes lignées évolutives Algorithme séquentiel: à chaque étape →regroupement des 2 OTUs
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Marc Bailly-Bechet Master Epidémiologie, Univ Yaoundé
•Méthodes de construction d’un arbre unique (UPGMA) Ex de méthode de construction NEIGHBOUR-JOINING 1 2 1 3 La phénétique X 3 4 5 Voisins 2 d(1-2)=Min{d(i-j)}
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Méthodes de distance - silicobiotoulfr
celles basées sur des algorithmes de clustering (UPGMA) celles basées sur des critères d’optimisation (moindre carré, neighbor joining) Méthode de distances actuellement la plus utilisée : la neighbor joining (NJ) et ses variantes L’objectif des méthodes de distance : distances d’arbre (ou patristiques)
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TP 53 Biodiversité et phylogénie des organismes
*La méthode WPGMA ( Weighted Pair Group Method with Arithmetic mean , méthode d’appariement de groupes pondérée par la moyenne arithmétique) est fondée sur le modèle calculatoire le plus simple, même si elle est rarement utilisée Il arrive qu’elle soit baptisée UPGMA qui correspond en réalité à un algorithme légèrement différent
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cours de phylogénie moléculaire
3 réambule: La phylogénie moléculaire est une discipline qui connaît un essor grandissant étant donné l’avancement spectaculaire des techniques de la biologie moléculaire et du génie génétique que l’on peut appeler maintenant biotechnologiesTaille du fichier : 1MB
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TYPAGE MOLECULAIRE DES BACTERIES
2 2 1 –Méthode de typage analysant lADN plasmidique Variable dans le temps, mais intéressant dans certains cas pour distinguer : - Epidémies de souches - et/ou épidémies de plasmides conjugatifs (Bacilles à Gram négatif +++) Quelques exemples de méthodes d [analyse du plasmide conjugatif : - Expérience de conjugaison (transconjugants)
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Le Neighbor-Joining (NJ)
– Méthode des moindres carrés • Minimise la différence entre la longueur des branches de l’arbre inféré et les distances observées dans la matrice – Minimum d’évolution • La longueur totale de l’arbre inféré doit être la plus courte possible ⇒Méthodes qui impliquent d’examiner toutes les topologies possibles
Les étapes successive pour construire l'arbre de tous les taxons par la méthode UPGMA Page 17 NJ pour Neighbor Joining Etablissement de la formule qui
Phylo
UPGMA produit un arbre raciné et des longueurs de branches • C'est une méthode très rapide • Mais UPGMA échoue si le taux d'évolution varie entre lignées
BIM
particulier et une méthode de reconstruction est Maximum de parcimonie - Méthode UPGMA (Unweighted Pair-Group Method by arithmetic Averaging)
BI U phylogenie
Tester différents méthodes et revenir à la main sur les résultats 3 Détermination du UPGMA (Unweight Pair Group Method with Arithmetic mean) C'est un
Biogenouest jours
2 -‐ Les méthodes de reconstruc5on d'arbres phylogéné5ques Les méthodes des reconstruc5on d'arbres phylogéné5ques La méthode UPGMA ○ ○ ○
Thomas Chollier phylogenie
UPGMA (Unweight Pair Group Method with Arithmetic mean) ▻ Utilisée pour Les inconvénients de la méthode UPGMA ▻ L'inconvénient majeur est la
BlinGuillaume InfoGen Cours x
UPGMA, NJ, minimum d'évolution, moindres carrés ▫ Méthodes cladistiques ❑ Recherche l'arbre impliquant le moins de changements évolutifs permettant
M phylogenie
c'est fait dans la méthode UPGMA (Yap et Nelson, 1996) - Algorithmes se basant sur les méthodes phénétiques Parmi ces algorithmes, deux prédominent: 1)
M
UPGMA : Avec la méthode WPGMA (Weighted Pair Group Method with Averaging) la distance entre les clades est calculée comme une moyenne simple Par
L S Biodiv Poux ExosTDcorriges
UPGMA NJ maximum de parcimonie maximum de vraisemblance modèle de distance Méthode UPGMA : algorithme 1 4 2 3 arbre produit par UPGMA
phylogenie.gaillard
Cette étape est recommencée jusqu'à ce que tous les taxons soient inclus dans l'arbre. UPGMA. Ce qui signifie Unweighted Pair-Group Method of Arithmetic average
UPGMA produit un arbre raciné et des longueurs de branches. • C'est une méthode très rapide. • Mais UPGMA échoue si le taux d'évolution varie entre lignées.
UPGMA ist eine typische "Clustering"-Methode“: OTUs werden durch sequenzielles Clustern nach absteigender Ähnlichkeit gruppiert. UPGMA
UPGMA dendrograms based on protein and DNA data were congruent: with Les dendogrammes établis suivant la méthode UPGMA basés sur les données fournies ...
UPGMA dendrograms based on protein and DNA data were congruent: with Les dendogrammes établis suivant la méthode UPGMA basés sur les données fournies ...
Jul 7 2005 construits selon la méthode UPGMA (Sneath et. Sokal
son niveau) aux différentes méthodes de constructions phylogénétiques et à leurs L'application de la méthode UPGMA conduit à la topologie suivante :.
Méthodes de distances : UPGMA. • UPGMA (Unweight Pair Group Method with UPGMA. 1. IdenPfier dans la matrice les taxons i et j pour lesquels la distance ...
Avantage de MEGA : Permet de tracer des arbres par les méthodes des distances (UPGMA et. NJ) par la méthode du maximum de vraisemblance (Maximum Likelihood- ML)
Keywords: UPGMA neighbor-joining
Méthodes phénétiques