L'ontogenèse en effet est placée sous le contrôle de gènes présents dès la conception et qui peuvent se manifester à n'importe quelle phase du développement embryonnaire ou de la croissance ultérieure.
L'idée selon laquelle l'ontogénie récapitule la phylogénie, c'est-à-dire que le développement d'un organisme reflète avec précision le développement évolutif de l'espèce, est aujourd'hui discréditée.
Cependant, certains liens entre l'ontogenèse et la phylogenèse peuvent être observés, en fonction de l'évolution.