Le traitement biologique, de son autre nom traitement par boue activée, est un processus d'assainissement inspiré par la nature.
Le principe est d'utiliser les bactéries vivantes, qui vont assimiler les polluants (matières organique, par exemple), et donc purifier les eaux usées.
Le traitement biologique est la transformation de la pollution par des bactéries en gaz carbonique, eau traitée et boues. la clarification sépare les boues de l'eau qui, dépolluée à plus de 90 %, est ensuite rejetée dans le milieu naturel.
On emploie le terme "biologique" pour désigner des traitements dont la fabrication ne passe pas par des processus chimiques, contrairement à la majorité des médicaments.