Tout d'abord, tandis que les cellules des Métazoaires sont le plus souvent spécialisées dans une fonction particulière, la cellule des Protistes constitue un ensemble autonome accomplissant seul et par lui-même toutes les fonctions vitales.
Leur reproduction sexuée ou asexuée est très complexe. Le mode de nutrition des protozoaires se fait par ingestion ( phagocytose ou via un cytopharynx ). Les protozoaires sont souvent hétérotrophes, c'est-à-dire qu'ils puisent leur source de carbone en provenance des différents composés organiques . Chaos carolinense ( Amoebozoa ), amibe géante.
Les protozoaires libres participent à l'épuration des milieux, dépolluent les eaux en surface, fixent l'azote aux sols, et consomment les microbes de plus petite taille. Trichonympha ( Trichonympha grandis ), qui vit dans le tube digestif des termites, participe à la digestion du bois ingéré grâce à son activité enzymatique.
Sous forme de colonies, certains protozoaires peuvent néanmoins former des superorganismes (par exemple Dictyostelium discoideum) qui présentent des niveaux élevés de spécialisation cellulaire et frôlent la multicellularité 1 .